A maioria dos casos de carência de vitamina B12 ou folato é de fácil tratamento, por isso as complicações são relativamente raras. Em casos severos, qualquer tipo de anemia pode levar a complicações que afectem o coração e os pulmões, evitando que funcionem da melhor forma.
A carência de vitamina B12 ou folato pode por vezes causar uma esterilidade temporária (incapacidade de engravidar). No entanto, essa condição não é permanente, podendo ser invertida com suplementos vitamínicos. Se estiver grávida, a carência de vitamina B12 ou folato pode aumentar o risco de anomalias no bebé, como a espinha bífida (em que a espinha do bebé não se forma correctamente). A falta de folato também aumenta o risco de um nascimento prematuro.
A carência de folato também pode aumentar o risco de desenvolver problemas cardiovasculares (quando o coração e o sistema circulatório não funcionam devidamente). As pesquisas mostram que a carência de folato pode estar ligada a alguns cancros. Embora uma falta de folato nunca seja a única causa de desenvolvimento de um cancro, pode ser um factor contribuinte.